La microbiología en bebidas fermentadas, estudia los procesos de transformación de los mostos de cervezas, vinos, sidras, etc, a cargo de la microbiota epífita de la misma, lo que da origen a dichas bebidas alcohólicas. Dado a que, los microorganismos provenientes de las materias primas y del ambiente de las bodegas intervienen en todo este proceso, siendo en parte responsables de la calidad del producto final, es necesario conocer sus condiciones de crecimiento para poder estimularlos, si son beneficiosos, e inhibirlos, cuando pueden alterar al producto.