te que reconocer que la explicación es 10/10 aun así sigue siendo un poco complejo pero asumo que es debido al tema, creo que si veo el video unos 10 veces entenderé por fin este método de secuenciación muchas gracias porque este video

muchas gracias, sobre todo por hacerlo en español!!

Excelente trabajo Brandon, muchas gracias por tu dedicación y esfuerzo.

Muchas gracias por la información, clara y completa.

Videos fantásticos, muchas gracias por tu esfuerzo!!!

Seguí haciendo videos como estos, son excelentes!!! Felicidades!

Excelentes vídeos!! Muy educativos, felicidades!!

Realmente, la mejor ayuda hasta el momento. Gracias!!!!!

Gran resumen. Muy útil! felicitaciones por el trabajo

Muchas gracias Brandon por la ayuda de estos videos!!!!

Muchas gracias, he entendido muy bien varias técnicas que explicas.

Muchísimas gracias, excelente, me despejó un universo de dudas.

Es muy bueno tu video, cosas que no mencionan en otros videos en inglés y que nunca había comprendido, las entendí con tu video. Gracias por haberlo hecho.

Super bien explicado, muchas gracias!

Muchas gracias maestro!! Muy buena explicación!!

El mundo necesita más gente como tú, gente que no le tema a los procedimientos complicados, muchas gracias!!!

@BrandonOrtizCasas

4 жыл бұрын

¡Muchas gracias por semejantes palabras!

@Luis-bo2uj

7 ай бұрын

@@BrandonOrtizCasas Hola, cual es el punto de obtener hebra reverse si luego se va a cortar y lavar previo a la secuenciacion? gracias

Me gusta mucho la explicación del vídeo es sencilla de comprender, gracias por el video :)

muchas gracias, tu video me explico en 6min lo que en 1hra no pudo el Dr. me gusta mucho tu canal

Genial. Gracias, muy didactico, explicativo. No tenia conocimiento, haces del tema, algo mas fácil. Un abrazo.

Muchas gracias, es un muy buen video, sigue así!

Excelente vídeo, muchas gracias.

Mil gracias !!! Súper prácticos

Está increíble tu video!! Me ayudaste mucho, gracias!

Esta geniaaaaaaaaaal, gracias por el video!!

Muchas gracias por la explicación!

Muchas gracias, excelente explicación

Definitivamente es un tema algo complejo, pero con las animaciones y la explicación del video me queda mucho más claro, gracias!

muchas gracias, es un tema muy complejo, pero esta muy bien explicado

Grcaias por explicarlo tan bien en 22 sencillos pasos :3

Excelente video, gracias, te ganaste una suscriptora, saludos desde Peru!

Muy buen video Gracias!!!

Excelente, y muy didáctico

Gracias por ayudarnos

Muy buena explicación...

Mil gracias!

Sos lo máximo. Me encantan tus videos. Muchas gracias por compartir esta clase de contenido :)

@BrandonOrtizCasas

3 жыл бұрын

¡Muchas gracias por tu respuesta!

Muchísimas gracias!!!!

Excelente video! Gracias

Excelente explicacion, te pasaste

Gracias por el video

Muy buena explicación

Muy útil video!

Muchas gracias !!! Esta muy bienn

Excelente video!!!!

excelente, muchas gracias!

Buen vídeo :D me ha servido mucho

Gracias, está genial

muy bueno !! graciaaas

Muchas gracias

Muy buen vídeo!!!

Muchas Gracias

Gracias por ayudarnos. Que bueno que sea en español.

@BrandonOrtizCasas

5 жыл бұрын

¡Es un placer!

Gracias!

excelente

muchas gracias

Gran video amigo 👌🏽

grandes videos!

Muy buen video

💖💖💖💖 gracias

Que buen video

Muy bien, ayudó un montón!! uwu❤

Wow! excellent explanation!

@BrandonOrtizCasas

4 жыл бұрын

Thanks for the kind words!

Muchas gracias crack!! Saludos

@victor09013

4 ай бұрын

hoy volví a revisar este video para otra tarea y de nuevo, muchas gracias crack

gracias

Estoy desde la cuenta de mi abuela pero igual me suscribo, gran vídeo deberías hacer mas le comentare a mis amigos de este canal :D

@BrandonOrtizCasas

4 жыл бұрын

¡Te agradezco bastante! Estaré haciendo más contenido, pero pido un poco de paciencia por que estoy resolviendo algunos asuntos.

Exelente

muy bueno

Gracias por el video. Le he dado a like y me he subscrito. 5:40 Para su "póstumo" análisis es una mala traducción, debería ser análisis posterior. Póstumo se refiere a después de la muerte

@BrandonOrtizCasas

2 жыл бұрын

Te agradezco la corrección!

buen video

Yo sí estoy muy agradecida. Me gustaría que explicaras paso a paso por favor. También algunos términos como profundidad, cobertura, etc. ¿Qué son y para qué sirven los índices, qué tiene una celda de flujo, etc? Cómo saber si se pegaron los índices, etc.

@BrandonOrtizCasas

Жыл бұрын

Hola Andrea! Gusto saludarte. Si tienes varias preguntas que son un poco más desarrolladas, siempre puedes contactarme por mis redes sociales o correo, donde me sería más fácil contestar. ¡Saludos!

@Andrea-sh9sn

Жыл бұрын

@@BrandonOrtizCasas Mil gracias; pero explicas muy bien y sería genial que en un video pusieras todos los pasos sin detalle y en otros vídeos cada detalle. Espero que te animes.

@BrandonOrtizCasas

Жыл бұрын

@@Andrea-sh9sn Gracias por tus palabras :) De momento me estoy recuperando de un momento difícil. Pero espero poder volver a lo que más me gusta. ¡Saludos!

Gracias.-

No ma! Te amo :'v

Super

Hola! te quería preguntar con que sustratos se genera la densaturalización de las hebras bicatenarias ? Muchas gracias! (el video fue de mucha ayuda)

@BrandonOrtizCasas

3 жыл бұрын

Hola Elisa. Creo que no entiendo bien tu pregunta. ¿A qué te refieres con sustratos para desnaturalizar? Si no me equivoco, creo que en estos procesos, casi siempre desnaturalizamos utilizando temperatura.

Great

@BrandonOrtizCasas

4 жыл бұрын

Thanks!

Hola amigo gracias por el video, también quisiera preguntar si de casualidad tendrás algo de información del "final report" que viene con los genotipos que entrega illumina como resultado

@BrandonOrtizCasas

4 жыл бұрын

Francamente, no tengo nada, ya que no trabajo con esa plataforma. Pero si requieres algo en concreto, pudiera llegar a conseguirlo por parte de algún colega.

@luisenriqueromerocruz1362

4 жыл бұрын

Hace varios meses que illumina empezó a vender la licencia del software que hace ese "final report". Ya que el equipo arroja las secuencias "crudas". Sí desea hacer genotipificacion se necesita de todo un flujo de trabajo bioinformatico

Buen video, aunque creo que olvido mencionar algunos detalles que son importantes como son el uso de terminadores reversibles entre otros

@BrandonOrtizCasas

4 жыл бұрын

¡Muchas gracias! En su momento llegué a pensar en ese concepto al momento de la síntesis, pero no supe como ilustrarlo :/ Quizá ponga un comentario mencionándolo.

@ayo4757

2 жыл бұрын

Buenas!! si pudieras explicar ese detalle seria fantastico! saludos

Estos temas son tan complejos, pero ahi vamos

Por favor, paso a paso; gracias.

Cómo se protegen los extremos 3 ' en el proceso de brigde amplification

@BrandonOrtizCasas

2 жыл бұрын

No me acuerdo exactamente bien y no quisiera mentir, pero estoy casi completamente seguro que es a través de métodos quimicos, usando alguna molécula tipo cianoetil tal como en los métodos de síntesis de oligos. Pero por favor checa.

Muuy buen video, tendrás alguno donde expliques que son los kamers?

@BrandonOrtizCasas

4 жыл бұрын

Hola. Perdón, pero, ¿A qué te refieres con kamers?

@otro3721

4 жыл бұрын

@@BrandonOrtizCasas Lo siento quise decir Kmer

@BrandonOrtizCasas

4 жыл бұрын

Pienso en algún día (más cercano que lejano, espero) hacer vídeos de bioinformática. Desde cosas sencillas como diseñar primers y hacer BLASTs, hasta análisis de genomas completos con Python usando algunos Pipeline Frameworks. Los n-gramas (o en este caso especifico, los K-mer) serán un pan de cada día. Pero denme tiempo. Intento terminar una materia sin morir en el intento, hehe. Ya de por si estoy atrasado con otros videos

muy bien, Pero hace falta a parte 2 con mayor detalle y práctica

@BrandonOrtizCasas

3 жыл бұрын

¿Qué considerarías importante para una parte 2?

Bueno

Hola! Muchas gracias por el video. Es muy claro pero aún hay algo que no entiendo. En el primer paso (2:40) que se amplifica el fragmento de ADN, no está ocurriendo lo mismo en simultáneo, para muchos fragmentos tanto forward como reverse? Qué es lo que cambia en la amplificación por puente, por qué es necesaria? Si me pudieran ayudar a entender eso sería genial!

@BrandonOrtizCasas

Ай бұрын

Vaya... croe que llego algo tarde... ¿Aún te sirve saberlo? :(

@quebrachal

Ай бұрын

@@BrandonOrtizCasas Para nada es tarde, aún me sirve mucho!

@BrandonOrtizCasas

Ай бұрын

@@quebrachal Te puedo dar 2 razones que pudieran explicar esto. Nada más requiero un poco de tu imaginación. 1. Primero, imagina que la flow cell únicamente entrara 1 sola hebra de DNA. Esta llegaría a una secuencia complementaria pegada al sustrato, se amplificaría y formaría 2 cadenas completas, ¿No? Sin embargo, la cadena que polimerizamos está "pegada" al sustrato y no la puedes separar del mismo. Sin bridge amplification, esta no te serviría para nada. No es como en una PCR donde todo está "nadando" en un medio más o menos homogéneo. Además, hay algo que no mencioné en el video. Antes de la amplificación en puente, existe un lavado que remueve TODO lo que está en el medio y que no está pegado al sustrato (incluyendo nuestros templates de DNA originales que preparamos, como viste en el video). Lo que vas a amplificar es únicamente LO QUE ESTÁ PEGADO al sustrato. SI este fuera el caso, solo te queda para secuenciar 1 sola cadena pegada en el flow cell, y eso no está chévere. Con bridge amplification, todas las secuencias que generaste en la primera amplificación te aseguras que se puedan usar para seguir clonando, sin separarlas del sustrato. 2. Los secuenciadores Ilumina no dejan de ser equipos ópticos que requieren medir luz, y como cualquier equipo óptico, sería óptimo medir las cosas "juntas en 1 solo lugar". Algo que no es tan obvio, es que con Bridge Amplification también controlas a "nivel espacial" donde estarán las hebras que vas a secuenciar. Si vas a contar patos, es mejor tenerlos todos juntos en un corral que totalmente dispersos en un estanque. Espero sirvieran las respuestas

@quebrachal

Ай бұрын

@@BrandonOrtizCasas Super claro! No lograba entenderlo. Me ayudaste muchísimo, gracias por estar atento a las preguntas ☺

Siempre he tenido la duda . Sabes cómo es que se adaptan los olivos a la celda y hacer que perduren tanto tiempo ?

@BrandonOrtizCasas

4 жыл бұрын

Te seré un tanto honesto. Entender esa pregunta requiere de conocimientos relativamente avanzados de microfabricación (además de que la patente de Illumina, al ser una patente, no es muy amigable de leer). Pero básicamente, buscan formar un gel un tanto complejo (PAZAM enriquecido con acrilamida libre de silano y BRAPA) dentro de ciertas zonas de la celda (en las cuales tendremos los oligos para la amplificación en puente). Para esto, usan una máscara fotolitográfica en la cual las zonas expuestas puedan sufrir una fotoreacción y crear el gel. En estas fases, se pueden añadir los oligos y se pueden quedar atrapados a través de interacciones covalentes, a través de interacciones con su oxígeno 3´o 5´, a través de interacciones iónicas, etc. Puedes checar la patente US20120316086A1 si quisieras explorar un poco más, pero insisto que no es muy fácil de entender. Incluso a mi me cuesta entenderlo. Aún así, espero que fuera un tanto útil la explicación.

@gama3181

4 жыл бұрын

@@BrandonOrtizCasas Increiblemente detallada tu respuesta y ademas el dato de la patente es genial ! Muchas gracias por tu atención al detalle Brandon. Espero tu proyecto siga creciendo :)

En cuanto a tiempo sabes aproximadamente cuanto se tarda un equipo ilumina en hacer la secuenciacion, he leído que desde 18 horas y hasta 8 días ,no me queda claro Tienes información de eso? Te lo agradezco muy bien video gracias

@BrandonOrtizCasas

2 жыл бұрын

Hola Karina. El "run time" depende de muchas cosas. Desde el equipo que se usa de Illumina (te paso un doc con los tiempos desglozados: emea.support.illumina.com/bulletins/2017/02/run-time-estimates-for-each-sequencing-step-on-illumina-sequenci.html). Depende que quieres secuenciar (no es lo mismo un gen a un genoma), si es secuenciación de novo o no, etc.

@karinadebarrera4991

Жыл бұрын

Muchas gracias

ihinijmjm

Si no veo tu video, no entiendo artículos de fillogenomica jajjajaj

Gracias!