¿Quieres ver cómo se ensambla un genoma bacteriano secuenciado con Illumina?
Ғылым және технология
Los resultados que vemos de los análisis genómicos suelen concentrarse las capas finales de anotación y comparación, pocas veces podemos ver el "tras de bambalinas" de la fase de ensamble e interacción con los reads. En este video verán en primera fila cómo se ensambla en pocos minutos el genoma de una bacteria secuenciada con tecnología Illumina de reads cortos de 100 bases.
Пікірлер: 23
Muchas gracias por compartirnos su conocimiento y estos fabulosos videos. Realmente son de gran ayuda.!!
Excelente Profesor Alzate, todo muy bien explicado.
¡Qué buen canal! Me suscribo. Gracias por la información.
Dios, que buen video. Muchas gracias por darte el tiempo de explicarnos. Excelente !!!!!
@genomicafacil8501
Жыл бұрын
Gracias Francisco! Me hace muy feliz que te sea util.
Muy bueno!
Sumamente interesante
Fabuloso, gracias por el video
Excelente video!
Muy buena informacion, Gracias
Un gran saludo. Por favor seria muy interesante que hiciera un video que describa cual es el procedimiento para subir un genoma bacteriano a NCBI. El tipo de archivos que se requieren para incluir las secuencias, de acuerdo a la informacion que se tenga, si el genoma solo esta ensamblado o con anotaciones. Gracias
@genomicafacil8501
3 жыл бұрын
Muy buena idea. Lo pondré en la lista para próximos temas. Gracias!
¡Está muy interesante el video! Me emocioné y empecé a seguirle el paso, pero no tengo lumix :c
Hola....por si acaso haz instalado y manejado SIGNAL? tengo unos inconvenientes en su corrida
@genomicafacil8501
2 жыл бұрын
Hola Tanya. Nada, no lo he usado.
Excelente explicación, muchas gracias!! solo tengo una duda, instale sratoolkit en biolinux en una vbox, cuando intento ejecutar el comando prefetch me indica que el comando (zsh: command not found: prefetch), pero reviso y esta instalado, y comandos como fastq-dump si funcionan, alguna idea de que puedo estar haciendo mal?
@genomicafacil8501
3 жыл бұрын
Hola Elizabeth. No tengo experiencia con Vbox pero creo que debes dar la ruta absoluta a la carpeta con el programa prefetch
Hola! Excelente video, queda bastante claro y resumido. Tengo una consulta ¿Cómo realizo el análisis estadístico? El script se corre bajo python u algún software en específico (?)
@genomicafacil8501
2 ай бұрын
Hola Joel. Gracias por el interes y el comentario. Toda la gráfica y estadísticas la hago en R. Me sirve de inspiración el R Gallery. Si te gusta más python, puedes hacer las mismas gráficas y analisis con librerías cómo matplotlib o numpy.
@joeltorres2158
Ай бұрын
@@genomicafacil8501 ¡Muchas gracias!
Muy buen video estimado profesor. Emplea algùn servidor especifico para hacer el esamblaje? Gracias
@genomicafacil8501
3 жыл бұрын
Yo instalo localmente los ensambladores. Creo que así es más fácil
@leuven1470
3 жыл бұрын
@@genomicafacil8501 muchas gracias