Чёрная Меза проводит различные исследования и является высокоохраняемым объектом. Так, каждый работник должен пройти ряд строгих проверок безопасности для доступа к большинству районов. Повсеместно присутствуют охранники, носящие огнестрельное оружие и подготовленные к чрезвычайным ситуациям.
Комплекс также оснащен сканерами сетчатки глаза и сигнализацией, а также тяжёлыми взрывостойкими дверьми, закрывающимися для защиты от пожара, взрыва или иных происшествий. Чёрная Меза может быть полностью изолирована от внешнего мира. Комплекс является полностью самодостаточным - имеется своё жильё, вентиляция, собственные канализация, сантехника, энергетика, включающая свою ГЭС, ряд трансформаторных подстанций, а также реакторы, использующие ядерные технологии.