Чаша водоема представляет собой овал неправильной формы, вытянутый с северо-запада на юго-восток. Она была образована в результате изменения рельефа земной поверхности в ходе постепенного растворения водой толщи солевых пород. Дно Нюхти практически плоское, с илистыми отложениями и песчаными участками. Извилистая береговая линия формирует мысы и заливы, прибрежная полоса в основном низменная, часто заболоченная. Вода имеет гидрокарбонатно-кальциевый состав и характеризуется как ультрапресная.