L'insediamento di San Giovanni del Pantano sorse nel XIII secolo su di un’area paludosa e già nei secoli XI e XII era chiamato "Pantanum". Il nome si deve alla presenza di un pantano carsico, che fu prosciugato mediante un canale, dal quale si origina il fiume Caina.
La chiesa parrocchiale, dedicata a San Giovanni Battista, risale al XIII secolo e fin dalla metà del XIV si trova nominata come membro dell’abbazia di Monte Corona ( • Campane e Abbazia di M... ).
La costruzione ha subìto nel tempo svariati interventi architettonici di ampliamento e di sopraelevazione; l'interno della chiesa si presenta oggi in veste settecentesca.
La facciata, in pietra mista locale, presenta un portale moderno inquadrato da una semplice cornice in travertino.
Sulla facciata sono ben visibili due segni inclinati, che costituivano le due falde del precedente tetto e quindi la sagoma della piccola chiesa primitiva.
Sulla sinistra del corpo della chiesa si individua la presenza di una torre, forse anteriore alla chiesa stessa, che può aver costituito inizialmente una torre campanaria, come spesso avviene.
Il massiccio campanile svetta in alto con soluzioni tipiche del XVIII secolo. Ospita 3 campane:
- la maggiore venne fusa dalla fonderia Baldini nel 1826
[nda: tra il '26 e il '27 gli stessi fonditori realizzarono le due campane maggiori di Chiugiana ( • Campane di Chiugiana (PG) ), 4 campane per Santa Maria Nuova in Perugia ( • Chiesa e Campane di Sa... ), 2 per San Martino in Campo ( • Campane di San Martino... ), il trio di Canneto ( • Campane di Canneto (PG) ) le due maggiori di Castel del Piano ( • Campane di Castel del ... ) e ancora due per Agello];
- la campana mezzana venne fusa nel 1795 da Carolus Casali di Ancona
[nda: la stessa fonderia (probabilmente il padre, Giulio Casali di Ancona) aveva fuso il "campanone dello scandalo" di Gubbio il 15 Luglio 1766, rotto solo dopo due anni con gravi danni di fusione rilevati il 21 Nov. 1768. Era il sesto campanone fuso per la torretta del Palazzo dei Consoli; dopo di esso venne realizzato quello che conosciamo attualmente ( • Gubbio e il settimo Ca... )].
- La campana minore è opera del maestro "Cecco da Siena", datata 1327
[nda: secondo alcune fonti, tale fonditore lavorò nella prima metà del XIV secolo parecchie campane di monasteri e conventi perugini (tra esse ci sarebbe la campana minore del monastero di Sant'Agostino)].
Ai piedi del campanile vi è una porticina architravata che risulta essere la parte più antica della chiesa. Sopra di essa, nel 1991, anno di restauro e di elettrificazione della torre campanaria, venne posta una targa marmorea in memoria di Antonio Baglioni: egli volle che col suo denaro "la campana squilli ammonitrice e canti di colle in colle Ave Maria ".
L'interno della chiesa è costituito da un’unica navata rettangolare con abside allungata e due cappelle laterali ricavate dallo sfondamento del muro medioevale. La copertura è a volta a botte ribassata che diviene una crociera all’intersezione con le cappelline. L'edificio sacro presenta un’anomalia riscontrabile solo dopo attenta misurazione: le pareti laterali della chiesa sono convergenti verso l’abside presentando una differenza di cm. 20.
Sopra la zona absidale, presenta affreschi realizzati nel 1948 dal pittore futurista perugino Gerardo Dottori.
Nella parte centrale compare l’agnello sul monte, dal quale discendono sette fiumi, che rappresentano i sette Sacramenti.
A destra e a sinistra in variopinte vesti sono rappresentati due angeli in adorazione. Interessanti i paesaggi che compaiono nello sfondo delle figure, tipici dell’aero-pittura, movimento a cui il Dottori era appartenuto. Dietro all’altare maggiore è collocata una pala rappresentante Gesù Crocifisso tra la Madonna e S. Giovanni Battista.
Sulla parete retrostante la facciata è appesa una tela con l’immagine della Madonna del Rosario tra S. Domenico e S. Caterina da Siena, attribuito all’Appiani.