Манастирът в м. Джанавара е сред най-важните археологически обекти във Варна. Той е открит и проучен от Хермин Шкорпил, председател на Варненското археологическо дружество, в началото на ХХ в. Обектът в м. Джанавара се превръща в една от гордостите на Варненското археологическо дружество и на Варненския археологически музей, наред с Аладжа манастир, средновековния княжески манастир в м. Караач теке и други обекти.
По време на тези първи разкопки Х. Шкорпил разкрива само църквата, като съществуването на манастир около нея все още е само предположение.
Едва столетие по-късно, по време на новите разкопки на обекта, провеждани от Регионален исторически музей - Варна в партньорство с Фондация „Балканско наследство“, става ясно, че църквата е част от голям и богат манастир. Той е построен около средата на V в. и съществува до първите десетилетия на VII в. Най-голямото съкровище на светата обител са били реликвите на неизвестен светец, съхранявани в три реликвария - от злато, сребро и мрамор, поставени един в друг и скрити в крипта под олтара.
Тази забележителна находка, открита при първите разкопки, днес се съхранява във Варненския археологически музей.