Факултетът по химия и фармация е пряк наследник на основаното през 1889 г. Физико-математическо отделение на Висшето училище (днес Софийски университет "Св. Климент Охридски"). През 1962 г. Физико-математическият факултет се разделя на три факултета и химическото висше образование се съсредоточава в самостоятелния Хи­ми­чески факултет. През 2012 г. Химическият факултет се преобразува във Факултет по химия и фармация.