วัดขุนแสน โบราณสถานประเภทวัดร้างที่ตั้งอยู่ใน ตำบลหัวรอ อำเภอพระนครศรีอยุธยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
วัดขุนแสนนี้ได้ถูกสร้างขึ้นในช่วงกรุงศรีอยุธยาตอนกลางแต่ก่อนสมัย สมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราช เพราะใน พระราชพงศาวดาร ฉบับสมเด็จพระพนรัตน์ วัดพระเชตุพน ฉบับตัวเขียน ได้กล่าวถึงวัดขุนแสนหลังจากที่สมเด็จพระนเรศวรมหาราชได้กวาดต้อนครัวมอญกลับมากรุงศรีอยุธยา หลังจากประกาศอิสรภาพ โดยสมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราชโปรดเกล้าฯ ให้ พระมหาเถรคันฉ่องไปจำพรรษาอยู่ที่ วัดมหาธาตุ ส่วนพระยาเกียรติ พระยาราม ผู้นำชาวมอญ ได้โปรดเกล้าฯ ให้ตั้งบ้านเรือนอยู่ที่วัดขุนแสน