Tras los acontecimientos del primer juego y haber salido con vida de la isla de Yamatai junto a un puñado de sus amigos, y de haber presenciado cosas que en un inicio considero imposibles, ahora la linea entre realidad y mito es mas difusa, pues ahora Lara esta convencida de que su padre Richard Croft todo el tiempo tuvo razón con respecto a una investigación acerca de una posible fuente de inmortalidad por la cual su carrera quedo desprestigiada y ridiculizado.
Ahora Lara partirá en búsqueda de esta supuesta fuente de vida eterna para limpiar el nombre de su padre, pero en el proceso descubrirá a una organización oculta y antigua llamada "La Trinidad" quienes también desean apoderarse de este tesoro para sus propios fines oscuros
Lara Croft deberá verse obligada nuevamente a resurgir como una sobreviviente dispuesta a todo incluso a matar para mantenerse con vida e impedir que una antigua reliquia caiga en manos equivocadas.