Raimon Panikkar nunca quiso hablar abiertamente de su pertenencia al Opus Dei. Igualmente, la Prelatura borró completamente la figura de Panikker de su historia. No se encuentran menciones a esta figura importantísima de la primera hora en ningún libro de la Obra, ni tan siquiera en aquellos que han pretendido realizarse con total "rigor científico" por académicos de la Universidad de Navarra (perteneciente al Opus Dei). Igualmente, en la Obra se reeditaron todas los volúmenes de la colección Patmos que habían sido prologados por Panikkar, destruyéndose los libros previos a 1962. Actualmente, no queda ni rastro de su pertenencia salvo contados documentos como este vídeo.
Raimon Panikkar fue uno de los primeros sacerdotes del Opus Dei. En concreto, se ordenó en la segunda "tanda", después de los tres primeros (Álvaro Del Portillo, José Luis Múzquiz y José María Hernández de Garnica). San Josemaría Escrivá de Balaguer lo expulsó en 1962 por desobediencia a la institución ("Raimon Panikkar", Raffaele Luise, San Paolo, Milan, 2011, p. 25-32). Pannikar fue quizá el sacerdote con más altura intelectual del Opus Dei y, siendo él miembro, comenzó una extraordinaria colección de libros (Colección Patmos de la editorial Palabra) que a día de hoy todavía continúa.
El caso de Panikkar es, sin duda, uno de los más claros ejemplos de que el Opus Dei cambió su misión original a finales de los años 50. La actual prelatura pasó de ser un grupo selecto de intelectuales que debían transformar el mundo de las ideas, seduciendo a las mentes más brillantes, a ser un poderoso actor político y económico, con escuelas, universidades y escuelas de negocios. Panniker fue de los que entró en el Opus Dei pensando unirse a un grupo de influyentes estudiosos y se fue alejando progresivamente a medida que la Obra optaba por una estrategia mucho más ligada al mundo económico y político.