La voz del Árbol del Espíritu comienza la historia narrando desde el momento en el que Ori cae del árbol al bosque de Nibel durante una tormenta. Ori es encontrado y adoptado por una criatura llamada Naru, quien cría a Ori como su propio hijo.​ Tiempo después, un cataclismo cae sobre el bosque y los suministros de alimentos se secaron. Naru muere. Debilitado por el cataclismo y huérfano, Ori sale a explorar el bosque solo.​ Después de derrumbarse cerca del Árbol del Espíritu, Ori recobró el ánimo y se unió a Sein, que es la luz y los ojos de Árbol de Espíritu. Sein guio a Ori en su aventura para restaurar el bosque de Nibel.​ Para hacerlo, Ellos tendrían que recuperar los Elementos de Luz que hubieron sostenido el Árbol de Espíritu: Elemento de agua, Elemento de viento, y Elemento de calor.