Музей на набережной находится в памятнике истории регионального значения «Управление Томским имением Алтайского округа ведомства Кабинета Его Императорского Величества».
Здание было построено в 1899-1900 гг. в квартале № 1 Закаменской части посёлка Ново-Николаевского. Именно в этом здании город Ново-Николаевск получил «независимость» от Кабинета Его Императорского Величества. Здесь 6 декабря 1907 г. был подписан нотариальный договор о выкупе городом кабинетских земель между начальником Алтайского округа И.А. Ульрихом и исправляющим должность Ново-Николаевского городского старосты купцом Г. М. Кузнецовым и его помощником П. А. Кущевским. Договор заверен нотариусом В. С. Кашиным.
После революции в здании располагались Октябрьский отдел милиции, районный архив, Октябрьский райком партии, народный суд Октябрьского района. В 1990-е и 2000-е годы здесь находился Новосибирский филиал Российской академии предпринимательства, а в 2016 года здание передали Музею Новосибирска. В августе 2018 года в нём открылись экспозиционные залы нового отдела Музея Новосибирска - Музея на набережной.