La aplicación de la terapia cognitivo conductual en niños se da de manera diferente, pues dadas las características de su desarrollo psicológico se deben establecer estrategias y técnicas específicas para lograr el objetivo. Durante la infancia el infante experimenta muchos cambios tanto a nivel físico como psicológico gracias al entorno en el que se da su crecimiento. Sin embargo, el niño aún no tiene la capacidad de establecer reglas del proceder o aprendizaje sobre sí mismos ya que su comportamiento aún se da de forma automática. Por esta razón, en el proceso con el pequeño, el psicoterapeuta suele realizar un tratamiento enfocado principalmente en la parte conductual y se trabaja a la par con sus padres o entorno familiar en estrategias de afrontamiento o control del estrés toda vez que estos tienen gran influencia en el comportamiento y mejora del chico.