På plats i Varnhems klosterkyrka vårdar Jönköpings läns museum under några månader 2021-2022 både interiör och inventarier.
För en del år sedan uppmärksammades förekomst av mögel i kyrkan. Åtgärder sattes in, och klimatet i kyrkorummet är nu stabilt. Men för att bli av med mögelsporer och smuts som finns kvar på väggar, valv och föremål, görs ett omfattande saneringsarbete, som leds av Jönköpings läns museums konservatorer. På de stora begravningsvapnen och andra inventarier fästs också färgskikten.
Den imponerande byggnaden är församlingens huvudkyrka. Sankta Maria klosterkyrka började byggas i mitten av 1100-talet, då cisterciensermunkar slog sig ner på platsen. Efter att Gustav Vasa dragit in kyrkans egendom till Kronan på 1530-talet, förföll klostret. Hela anläggningen plundrades och brändes dessutom av danska härar mot slutet av 1500-talet.
1654 påbörjade Magnus Gabriel de la Gardie en omfattande renovering av kyrkan och familjens gravkor finns i södra korsarmen.
I kyrkan ligger även Birger Jarl begravd. Han var far till bland annat Magnus Ladulås, som grundade Jönköpings stad 1284.