Die erste Seestreitkraft der deutschen Marinegeschichte, die Kiel als Stützpunkt nutzte, war die Schleswig-Holsteinische Marine. Ihr diente Kiel von 1848 bis 1852 als wichtigste Basis mit allen für den Betrieb der Marine erforderlichen Einrichtungen.[2]
Nach dem Deutsch-Dänischen Krieg kam Kiel 1864 zwar unter österreichische Verwaltung, jedoch konnte die preußische Marine hier bereits 1865 einen Kriegshafen errichten.[3] Sie begann, ihren Hauptstützpunkt von Danzig zu verlegen, weil sich Kiel wegen des geplanten Nord-Ostsee-Kanals in einer strategisch besseren Position befand.[4] Seine Rolle als wichtigster deutscher Stützpunkt in der Ostsee wuchs nach der Gründung der Marine des Norddeutschen Bundes 1867 und deren Überführung in die Kaiserliche Marine 1871. Mit dem Reichskriegshafengesetz wurde die seit 1871 bestehende Stellung Kiels als Reichskriegshafen 1883 bestätigt.
Nach dem Ersten Weltkrieg begrenzten die Regelungen des Versailler Vertrages zwar den Umfang der nunmehr als Reichsmarine bezeichneten deutschen Seestreitkräfte, aber Kiel behielt seine Rolle als wichtigster Stützpunkt in der Ostsee. Mit dem Aufbau der Kriegsmarine ab 1935 wuchs die Bedeutung des Marinehafens, wodurch er im Zweiten Weltkrieg zu einem wichtigen Ziel der Luftangriffe auf Kiel wurde.[5]
In der Nachkriegszeit wurde der Hafen von der Royal Navy und (bis 1947) vom deutschen Minenräumdienst genutzt.[6] 1951 stationierte der neu aufgestellte Seegrenzschutz einen Teil seiner Einheiten im Stützpunkt Kiel-Wik und übergab die Einrichtung 1956 an die Bundesmarine. Bei der Auflösung des Seegrenzschutzes am 1. Juli 1956 wurde ein Teil der übergebenen Schiffe und Boote dem Marinestützpunktkommando direkt unterstellt.[7] Auch der erste Kommandeur des Marinestützpunktkommandos, Fregattenkapitän (ab 1959 Kapitän zur See) Klaus Scholtz, kam vom Seegrenzschutz.
Das erste Marinestützpunktkommando Kiel wurde am 2. Mai 1956 aufgestellt und unterstand dem Marineabschnittskommando Ostsee.[A 1] Am 30. September 1994 wurde das Kommando aufgelöst und am 1. Oktober 2001 neu aufgestellt.[8] Seit 2001 unterstand es dem Marinestützpunktkommando Wilhelmshaven. Seit dem 29. Juni 2006 sind die Marinestützpunktkommandos an der Ostsee der Einsatzflottille 1 unterstellt.
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