Поводом к созданию музея такой направленности в Калининграде стала близость расположения, в посёлке Янтарном, крупнейшего из разведанных месторождений самого известного балтийского минералоида - более 90 % мировых запасов.
В течение десяти лет с 1969 года шёл процесс реставрации историко-архитектурного комплекса. Первая очередь Музея янтаря была открыта 29 декабря 1979 года в статусе филиала Калининградского областного историко-художественного музея