Formado en el Veriña Club de Fútbol hasta categoría juvenil,1​2​ se incorporó a la plantilla del Sporting de Gijón Atlético en la temporada 1989-90.3​ El 13 de diciembre de 1990 jugó su primer partido con el Real Sporting de Gijón en la Copa del Rey ante la Cultural de Durango.4​ A partir de la temporada 1991-92 quedó incorporado definitivamente a la plantilla del primer equipo5​ y su debut en Primera División tuvo lugar el 1 de septiembre de 1991 en un partido disputado ante el Real Valladolid C. F. en el estadio José Zorrilla.6​ El día 18 del mismo mes también consiguió debutar en la Copa de la UEFA ante el Partizán de Belgrado.7​ En total, Juanele militó en el Sporting durante tres temporadas en las que jugó noventa y un partidos de Liga, y anotó dieciocho goles.8​
En junio de 1994 se concretó su traspaso al C. D. Tenerife para las siguientes cinco campañas,9​ en las que llegó a marcar veintisiete tantos en 151 encuentros de Primera División.8​ Además, participó por segunda vez en la Copa de la UEFA en la campaña 1996-97, competición en la que destacaron sus actuaciones en el partido de vuelta de los dieciseisavos de final, ante la S. S. Lazio, con dos tantos que contribuyeron a la victoria del Tenerife por 5-3;10​ y también en el segundo partido de los cuartos de final, contra el Feyenoord Rotterdam, en el que consiguió otro doblete que ayudó al equipo a clasificarse para las semifinales tras vencer por 2-4.11​ Al finalizar la temporada 1998-99 el conjunto canario descendió a Segunda División12​ y Juanele fichó por el Real Zaragoza.13​
En su primera campaña con el equipo maño, la 1999-2000, anotó nueve goles en treinta y cuatro partidos,8​ y el Zaragoza finalizó la Liga en cuarto puesto.14​ En la temporada 2000-01, además de participar por tercera vez en la Copa de la UEFA, conquistó su primer título de la Copa del Rey tras vencer en la final al R. C. Celta de Vigo, partido que jugó como titular.15​ En el curso 2001-02 sufrió su segundo descenso a la categoría de plata,16​ aunque el Zaragoza recuperó su plaza en Primera División un año después.17​ La campaña 2003-04 fue la última que disputó con el conjunto aragonés, aunque su participación se vio reducida a seis encuentros de Liga.8​ A pesar de ello, añadió la segunda Copa del Rey a su palmarés al derrotar al Real Madrid C. F. en una final en la que jugó la prórroga.18​
En el verano de 2004 fichó por el Terrassa F. C., de Segunda División,19​ donde militó durante la temporada 2004-05. A continuación, regresó a Asturias para jugar en el Real Avilés Industrial C. F. de Tercera División en la campaña 2005-06,20​ en la S. D. Atlético Camocha de Regional Preferente en la 2006-0721​ y, por último, en el C. D. Roces de Primera Regional.