Hrad byl založen na počátku 14. století a do psaných dějin vstupuje v druhém desetiletí tohoto věku jako majetek Raimunda z Lichtenburka. V roce 1319 se stal jeho držitelem Jindřich z Lipé. V letech 1370--76 náležela Lipnice ke koruně. V roce 1436 se dostala do rukou Trčků z Lípy, za nichž byla významně pozdně goticky přestavěna. Renesanční přestavba pak proběhla ve druhé polovině 16. století. Za třicetileté války obsadili hrad Švédové, které se odtud snažilo vypudit císařské vojsko. Ve druhé polovině 17. a v 18. století byly užívány již jen některé části hradu. Roku 1869 Lipnice vyhořela a rychle se proměnila ve zříceninu. Její zkáza vyvrcholila destrukcí podstatné části velké věže v roce 1916. Od roku 1925 probíhají s přestávkami až do současnosti památkové úpravy.