Nuevos estudios implican al hipotálamo y a la glándula hipófisis en la fisiopatología de una diversidad de enfermedades complejas; entre ellas se cuentan los trastornos de ansiedad en que las anormalidades en el eje hipotálamo-hipófisis-hormona del crecimiento parecen constituir un marcador patológico específico; alcoholismo, en el cual se implica al neuropéptido Y en modelos de este padecimiento en ratones, y obesidad, en la cual se afecta una multitud de neuropéptidos del hipotálamo que, a su vez, afectan los parámetros de la homeostasis de energía. En la mayoría de estos trastornos todavía no queda claro si la disregulación hipotalámica y endocrina son factores causales importantes en la patogenia o epifenómenos que se asemejan a una disfunción del CNS.