Κατά την αρχαιότητα η σημερινή Ελαφόνησος δεν αποτελούσε νησί, αλλά τη χερσόνησο "ΟΝΟΥ ΓΝΑΘΟΣ", καθώς το τότε σχήμα παρέπεμπε στην όψη γαϊδουρομασέλας, σύμφωνα με τον Παυσανία, ο οποίος στην περιήγησή του τοποθετεί την πόλη στην ποντισμένη σήμερα περιοχή της νησίδας Παυλοπέτρι (Πετρί), όπου διακρίνονται ακόμη και σήμερα χαλάσματα σπιτιών και καρόδρομοι, όπως και στον Κάβο Καλογήρου (Καλόγερας) κοντά στο νησί Κασέλα στης Παναγίας τα Νησιά αλλά και αλλού. Μαζί με την περιοχή μεταξύ του νησιού και της Πελοποννήσου, που ποντίστηκε μετά τον πρώτο αιώνα μ.Χ., ποντίστηκαν και άλλα μικρότερα κομμάτια γης πέριξ του νησιού που σήμερα μάς ανταμείβουν με τα υπέροχα χρυσοπράσινα χρώματα στα νερά άνωθεν τους.
Το σημερινό της όνομα η Ελαφόνησος το οφείλει στο πλούσιο κυνήγι που υπήρχε στην περιοχή από την αρχαιότητα, καθώς, όπως αναφέρεται και από τον Παυσανία, πολλά ήταν τα ιερά της Αρτέμιδας στην περιοχή και πιο συγκεκριμένα από την ύπαρξη πλήθους μικρόσωμων ελαφιών κόκκινου χρώματος. Άλλωστε και το διάσημο άγαλμα της Θεάς Αρτέμιδας στο Μουσείο του Λούβρου, που κρατά ένα τέτοιο ελάφι, έχει βρεθεί στην ευρύτερη περιοχή.