時の牢獄「エタニティ・フラット」は破壊された。しかし、その先に現れたのはもう一つの地球「翠の地球」だった。そしてそれと同時にZ-BLUEの地球「蒼の地球」に星間連合サイデリアルが侵攻してきた。抵抗するZ-BLUEであったが、圧倒的戦力差を前に撤退を余儀なくされてしまう。
サイデリアル侵攻から二ヶ月後、蒼の地球はその75%がサイデリアルの手に落ち、新地球皇国（ガイア・エンパイア）として支配されていた。Z-BLUEは2つの地球をサイデリアルから開放するためにかつての仲間と新たな仲間を加え、戦い続ける。
しかし、彼らの前に立ちはだかるのは己の野望を貫く者、かつて倒したはずの敵、人類の敵バアル、皇国のスフィア・リアクター達、スフィアを狙う男アサキム・ドーウィン、そして遂に姿を現した多元世界最大の敵根源的災厄。
多元世界とスフィアをめぐる最後の戦いの幕が上がった。
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