Jusqu’en 1555, Ciboure n’était qu’un quartier dépendant d’Urrugne. Dès 1550, les habitants du quartier Subiburu (Tête de pont) avaient demandé au pape Jules III l’autorisation de construire une église en raison de la distance qui séparait Ciboure (Subiburu) et Urrugne. Même s’il existait déjà une église avec son vicaire et un cimetière, cela ne suffisait pas aux habitants de Ciboure qui avaient l’obligation d’aller faire leurs Pâques à Urrugne.
Le pape Paul IV accéda à la demande des habitants de Ciboure qui eurent leur église paroissiale le 26 mai 1555.
La population grandissant, Ciboure demanda son « indépendance » et Henri III la lui promit en 1574. Mais c’est Henri IV, le 7 novembre 1603, qui accorda à Ciboure (et également à Biriatou, dans le même cas), son autonomie communale, malgré les manœuvres au Parlement de Bordeaux, du seigneur d’Urrugne, Tristan d’Urtubie, époux de Catherine de Montaigne.
La cohabitation entre Urrugne et Ciboure ne fut pas de tout repos, si bien qu’Henri IV nomma Etienne de Tenon pour arbitrer les différents litiges de territorialité et de privilèges que suscitait la création de Ciboure. Ce n’est qu’en 1634, que l’affaire fut définitivement réglée.
Subiburu devint alors Subibure, puis Ciboure vers 1700.
Un couvent a été construit en 1611 par des moines franciscains de la branche des Récollets sur une petite île au milieu de la Nivelle dont la propriété n'avait jamais été déterminée. Cette occupation avait pour but de faire taire les querelles entre les habitants de Ciboure et ceux de Saint Jean de Luz.
La chapelle fut terminée en 1613 puis le cloître en 1643 et enfin la Maison des Evêques, côté port, en 1675. Au centre de la cour du cloître, un puits citerne a été édifié en 1662 grâce à la générosité du cardinal Mazarin à l'occasion du mariage de Louis XIV. A la suite de nombreux remblais successifs, l'île s'est retrouvée reliée au territoire de Ciboure.
Le nom de la tour de Bordagain provient du nom du lieu « colline de Bordagain » et sans doute de la présence d'un abri (étable, bergerie borda en basque) à animaux qui devait exister dans les parages . (gain signifiant la hauteur, le haut de la colline).
L'édifice se compose de deux éléments : l'église et la tour à usage militaire. L'église date du XIIe siècle et fut jusqu'en 1575 la seule église de Ciboure. Sous la révolution le cimetière disparut, l'église tomba en ruine et faillit être détruite. La tour fut accolée par la suite au XIVe siècle et fut le point défensif stratégique d'un système militaire.
le quartier de Socoa est administré à la fois par Ciboure et par Urrugne.
L'histoire du Fort de Socoa commence sous Henri IV, mais des divergences entre les différents communes feront échouer le projet. Le Fort ne verra le jour que sous le règne de Louis XIII. En 1636, les espagnols prennent le fort et le nomme "Fort de Castille". Quelques années plus tard, la souveraineté française est rétabli, l'ouvrage est alors achevé et prend le nom de Fort de Socoa.
En 1686, Vauban entreprend de renforcer le Fort.
Le Fort fut réocupé par les espagnols en 1793, puis par les anglais en 1698.
Aujourd'hui, le Fort appartient à la ville de Ciboure.