介绍10X genomics系统,和用10X genomics来对一大群细胞(几 千个)当中每个单细胞的表达进行定量分析的工作原理。
陈老师讲解言简意赅,深入浅出!谢谢
非常受益,感谢
感谢您的讲解
感谢您的解释
陈老师,UMI的意思是(Unique molecular identifier)
期待早日发布10x genomics染色体单倍体长片断组装的专题视频
您好,这里read1 代表什么意思?谢谢
谢谢您的讲解!我一直没有想明白的问题是如何控制细胞在GEM中裂解。请问您可以展开讲讲吗?
在10X Genomics公司的“Chromium Next GEM Single Cell 3' HT Reagent Kits v3.1”这个版本的试剂中,GEM(Gel Bead-in-Emulsion)与酶的混合物是放在53°C,放45分钟。 53°C是一个较高的温度,这会把细胞烫破掉。 同时,反应中用的酶都是基因工程改造过的,是能一定的耐热能力,可以在53°C下长时间保持活性,可以合成出带标签序列的cDNA链。
@@davidchen4753 谢谢您的回复,陈老师!同样是10xGenomics的Multiome平台里,当细胞核被包到GEM里以后,进行的是一个37C/45min + 25C/30min的孵育,是否意味着在Multiome平台中不需要将细胞核裂解也可以对核内的mRNA进行逆转录呢?
我又咨询了我的做10X单细胞测序实验的同事。他告诉我,在GEM中破细胞膜,应该是用了一个弱的表面活性剂,这个表面活性剂,加上53°C加热的作用,破掉细胞膜。但这个表面活性剂是什么,10X公司没公布。 另外,后面破掉油包水乳浊液的,是用DTT(二硫苏糖醇,Dithiothreitol),这一步用DTT,这点是10X公司公开的。
@@davidchen4753 Thank you!
说一说chromium x吗?谢谢
1、 Chromium X将可以承载新的应用,例如:Fix应用,也就是用多聚甲醛固定细胞后,做单细胞分析的应用 2、 通量更高 a) 原来的Chromium Controller是一个孔可以分离最多1万个细胞,现在Chromium X的一个孔可以分离最多2万个细胞 b) 原来的Chromium Controller是一次可以处理8个孔的样本,现在Chromium X的一个孔可以处理16个孔的样本 3、 新的Chromium X的内部流程控制进一步加强,可以保证实验结果更加稳定 4、 新的Chromium X的芯片载台加上了25℃的恒温控温功能,这提升了细胞的活率。原来的Chromium Controller没有这个控温功能,细胞的活率不及新的Chromium X的细胞活率高 5、 未来(从2022年开始),10X公司开发新的试剂,都将会是基于这个新的Chromium X平台了
research gate said 10X recently release 5' barcoding, what is the difference of only 3' barcoding and combine barcoding
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陈老师讲解言简意赅,深入浅出!谢谢
非常受益,感谢
感谢您的讲解
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陈老师,UMI的意思是(Unique molecular identifier)
期待早日发布10x genomics染色体单倍体长片断组装的专题视频
您好,这里read1 代表什么意思?谢谢
谢谢您的讲解!我一直没有想明白的问题是如何控制细胞在GEM中裂解。请问您可以展开讲讲吗?
@davidchen4753
4 күн бұрын
在10X Genomics公司的“Chromium Next GEM Single Cell 3' HT Reagent Kits v3.1”这个版本的试剂中,GEM(Gel Bead-in-Emulsion)与酶的混合物是放在53°C,放45分钟。 53°C是一个较高的温度,这会把细胞烫破掉。 同时,反应中用的酶都是基因工程改造过的,是能一定的耐热能力,可以在53°C下长时间保持活性,可以合成出带标签序列的cDNA链。
@zhaoningwang4169
4 күн бұрын
@@davidchen4753 谢谢您的回复,陈老师!同样是10xGenomics的Multiome平台里,当细胞核被包到GEM里以后,进行的是一个37C/45min + 25C/30min的孵育,是否意味着在Multiome平台中不需要将细胞核裂解也可以对核内的mRNA进行逆转录呢?
@davidchen4753
4 күн бұрын
我又咨询了我的做10X单细胞测序实验的同事。他告诉我,在GEM中破细胞膜,应该是用了一个弱的表面活性剂,这个表面活性剂,加上53°C加热的作用,破掉细胞膜。但这个表面活性剂是什么,10X公司没公布。 另外,后面破掉油包水乳浊液的,是用DTT(二硫苏糖醇,Dithiothreitol),这一步用DTT,这点是10X公司公开的。
@zhaoningwang4169
4 күн бұрын
@@davidchen4753 Thank you!
说一说chromium x吗?谢谢
@davidchen4753
2 жыл бұрын
1、 Chromium X将可以承载新的应用,例如:Fix应用,也就是用多聚甲醛固定细胞后,做单细胞分析的应用 2、 通量更高 a) 原来的Chromium Controller是一个孔可以分离最多1万个细胞,现在Chromium X的一个孔可以分离最多2万个细胞 b) 原来的Chromium Controller是一次可以处理8个孔的样本,现在Chromium X的一个孔可以处理16个孔的样本 3、 新的Chromium X的内部流程控制进一步加强,可以保证实验结果更加稳定 4、 新的Chromium X的芯片载台加上了25℃的恒温控温功能,这提升了细胞的活率。原来的Chromium Controller没有这个控温功能,细胞的活率不及新的Chromium X的细胞活率高 5、 未来(从2022年开始),10X公司开发新的试剂,都将会是基于这个新的Chromium X平台了
research gate said 10X recently release 5' barcoding, what is the difference of only 3' barcoding and combine barcoding