Очень правильно сказано про проблему ветвления и как следствие тестирования этих ветвлений функционала и комбинаторного взрыва. Вот про очистку не до конца понятно как это отслеживается? Вручную? В идеале это бы нужно сваливать на авто-процедуры, которые проверяют флаги на предмет "устаревания" и либо автоматом создают задачи на выпиливание с высоким приоритетом, которые блокируют дальнейшие внедрения модуля, если в нём остаются устаревшие флаги и код завязанный на них. Иначе всегда будет оставаться соблазн забить и не делать. Либо сами флаги должны в себе нести признак устаревания и "ломать" код в час Х и таким образом принуждать себя выпиливать, чтобы сборка и тесты и далее работали.

кек