Кроме стандартного функционала который был в 5-ой версии, добавлены новые возможности, такие как ЭДО и новые возможности интеграции с внешними системами.
Кто работал с 5-ой версией, без проблем сможет освоить и 6-ку, т.к. несмотря на новый интерфейс - логика работы во много осталась прежней.
Новая Альфа-авто сделана на управляемых формах, что позволит полноценно работать в любом браузере и с любого устройства.
Стоит ли переходить на 6-ку, тем кто сейчас на 5-ке... вопрос сложный. Но через пару лет скорей всего это придется сделать, т.к. будет внедрена маркировка товаров и ЭДО станет обязательным для всех.