Μετά από ακροαματική διαδικασία δυόμισι μηνών και 54 συνεδριάσεις, το Ειδικό Δικαστήριο εξέδωσε την απόφασή του στις 11 Αυγούστου 1990. Στους έξι από τους επτά κατηγορουμένους (ο Δημοσθένης Δελχανίδης αθωώθηκε παμψηφεί) επέβαλε τις κάτωθι ποινές:
Νίκο Αθανασόπουλο, φυλάκιση 3 ετών και 6 μηνών.
Σούλη Αποστολόπουλο, φυλάκιση 3 ετών και 8 μηνών.
Θεόδωρο Αναγνωστόπουλο, φυλάκιση 16 μηνών με τριετή αναστολή.
Γεώργιο Ράλλη, φυλάκιση 12 μηνών με τριετή αναστολή.
Ευστράτιο Γιαννάκο, φυλάκιση 14 μηνών με τριετή αναστολή.
Σάββα Κοσμίδη, φυλάκιση 10 μηνών με τριετή αναστολή.
Από νωρίς το πρωί έξω από το Μέγαρο του Αρείου Πάγου, όπου διεξαγόταν η δίκη, είχε συγκεντρωθεί πλήθος οπαδών του ΠΑΣΟΚ. Μόλις τους ανακοινώθηκε η ετυμηγορία του δικαστηρίου, εξέφρασαν την αποδοκιμασία τους κραυγάζοντες «Αίσχος, Αίσχος!», ενώ στη συνέχεια τραγούδησαν το «Πότε θα κάνει ξαστεριά» κι έψαλλαν τον Εθνικό Ύμνο.
Παρά την καταδίκη του, ο 67χρονος τότε Αθανασόπουλος επέστρεψε δυναμικά στο πολιτικό προσκήνιο. Για τον μέσο οπαδό του ΠΑΣΟΚ ήταν ένας ήρωας, που τον εκδικήθηκε η Δεξιά. Άλλωστε και ο ίδιος ο Αθανασόπουλος είχε τονίσει παλαιότερα ότι ο λόγος της παραπομπής του ήταν το μεγάλο μίσος που έτρεφε εναντίον του η Δεξιά και προσωπικά ο Κωνσταντίνος Καραμανλής, επειδή ως εισαγγελικός είχε πρωταγωνιστήσει στο ξήλωμα του παρακράτους μετά τη δολοφονία Λαμπράκη. Τον Σεπτέμβριο του 1990, αν και εξέτιε την ποινή φυλάκισής του, εξελέγη στην Κεντρική Επιτροπή του ΠΑΣΟΚ στο 2ο Συνέδριο του κινήματος. Στις εκλογές του 1993, με τις οποίες επανήλθε το ΠΑΣΟΚ στην εξουσία, εξελέγη πανηγυρικά βουλευτής της Β' Αθηνών με 116.474 σταυρούς. Στις 17 Ιανουαρίου του 1994, η Βουλή με πλειοψηφία του ΠΑΣΟΚ του απένειμε χάρη, ρίχνοντας την αυλαία στο σκάνδαλο του γιουγκοσλαβικού καλαμποκιού.